眼科是南京市高淳中医院重点建设的特色专科之一， 目前配有副主任医师1名，主治医师1名，住院医师2名、眼科专科护士1名，拥有德国蔡司手术显微镜、瑞士CataRhex超声乳化仪、YAG激光机、A/B超、角膜曲率仪、角膜内皮计数仪、数码眼底照相仪、电脑验光、全自动非接触眼压计、裂隙灯显微镜等先进设备。
科室常规开展超声乳化白内障人工晶体植入术，小切口碎核联合人工晶体植入术，青光眼小梁切除术，YAG激光治疗后发性白内障及青光眼，泪小管显微吻合术，泪道成形术，泪囊摘除术，泪囊鼻腔吻合术，泪道置管及挂线术，翼状胬肉切除及干细胞移，眼睑成形术，结膜囊成形术，仿真义眼植入，睑裂成形术，眼睑内、外翻矫正术，眼部痣切除术，眼肿瘤切除术等；医学验光；眼科免疫病的诊断、治疗和预防：春季性结膜炎、丝状角膜炎、蚕蚀性角膜炎防治等。